計算は、かかった医療費と補てんされた金額を年間の合計額計算するのではなく個別に行います。

例えば、下記のような例の場合、

年間治療費合計２２万円で、給付金が２０万円、差額が２万円と計算し、

医療費控除の対象にならない、と考えてしまいがちですが、

＜支払った医療費－保険金などで補てんされる額＞は個別に計算します。

Ａ病院

 支払った医療費１０万円

 生命保険等からの給付金２０万円

Ｂ病院

 支払った医療費５万円

 生命保険等からの給付金なし

Ｃ病院

 支払った医療費７万円

生命保険等からの給付金 なし

つまり、Ａ病院は１０万円－２０万円で、実質負担した医療費はゼロ、（医療費控除の対象ではない）

Ｂ病院とＣ病院に支払った医療費が１２万円で、医療費控除の対象となるわけです。

医療費控除について所得合計×0.05で計算したところ小数点以下がでました。端数は切り上げですか？切り捨てですか？

切捨てです。
納税者が有利なほうで計算してかまいません。